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確かに複雑です。
ですが，『Painter Essentials』で，ある程度，絵を描き慣れているなら『 Painter IX』でも，すんなり使える事と思います。ただし，大切なのは，高機能な道具を使いこなすことではなく，自分の目的とする作品を描けること。もし，『Painter Essentials』で物足りなく感じて，もう少し，高機能なソフトを試してみたくなったら，『Painter IX』が，いちばんの近道かもしれません。

『 Painter IX』では，読み込み時に，RIFF，TIFF，CMYK-TIFF，Photoshpo，BMP，PCX，Targa，GIF，JPEGに対応しています（ただし，LZW圧縮のTIFFはサポートしていません）。『Painter Essentials』で作成したRIFFは正常に開くことができます。
また，保存時にはRIFF，TIFF，PICT，Photoshop，BMP，PCX，Targa，GIF，JPEG，EPSをサポートしています。Photoshpo形式に保存することで『Photoshop』をはじめとするPhotoshop互換のグラフィックソフトと連携した作業を行うことが可能になります。
さらに，Adobe Illustratorファイルの読み込み，書き出しをサポートしています。
ちなみに，MacOS Xをお使いのユーザは，他のアプリケーション同様，Painterから直接，PDFとして保存したり，ファックスを送信することもOSの機能として可能です。

さらに，Painter用のアニメーションファイル（フレームスタック）や，QuickTime，Video for Windows，番号付きファイルなどのムービーファイルもサポートしており，ムービー用ファイルとして利用することができます。ただし，かなり制限があります。

可能です。
乗換アップグレード版は，『Painter Essentials 2』だけでなく，以下のアプリケーションも対応しています。
『Painterバージョン5.5 以前』、『Painter Classic』、『Painter Essential』、『Painter Essential 2 以上』、『Painter アカデミック版』、『Painter Adobe Photoshop 6,7,CS 以上』、『Painter 水彩 5,6,7 以上』
Painter以外のアプリケーションからもアップグレード対象（通称クロスアップグレード）です。より創作の幅を広げるために，様々なアプリケーションを試す価値は十分あると思います。「乗換」という単語から想像すると，現在，持っているアプリケーションを破棄してPainter IXを使用しなければいけないようなイメージを受けますが，そんなことはありません。ただし，店頭では，この対象アプリケーションを所有していることを証明する品が必要な場合がありますのでご注意ください。

違いがあります。
「効果」の種類の多さもありますが，同じ名前の「効果」であっても，適用時に調節できる値が大きく異なります。
たとえばこれは「照明の適用...」ですが選べる設定はもちろん，ライブラリの種類まで段違いです。これだけ多くの設定値を微調整する必要はないかもしれません。しかし，調節できる権利があるというだけで，嬉しい場合もあります。

True Typeと，OpenTypeフォントが使えるようです。
しかし，ヘルプを確認したところ，OpenTypeについてはMacOS X版のみサポートしているとのことです。

機能性が大きく違います。
intuos3にある大きな特徴として，1024レベルの筆圧感知機能，傾き検知機能，エクスプレスパッド（追加ボタン），選べる３種類のサイズがあります。
まず筆圧感知機能ですが，FAVOは512レベルに対して，intuos3はその２倍の1024レベル。表現力が大きく違います。また，傾き検知機能は，ペンを斜めに傾けたとき，その傾きまで検知して描画に差をつけます。また，エクスプレスパッドは，キーボードの特定のキーを割り当てることにより，タブレットボード単体でのキーコンビネーション（たとえばspaceキーを押しながらの手のひらツールなど）が可能になります。さらに，intuos3ならば３種類のサイズから選ぶことができるので，自分の作業環境にあわせて選ぶことができます。
また，intuos3ならばペン先も３種類付属しており，描き味に応じて好きなときにペン先を変更することができます。